对于那些在建文朝遭受贬斥的官员,特别是因为建文帝削藩而受到牵连的大臣们,朱棣都一律恢复他们的职务。除此之外,朱棣还下令把建文一朝的文书档案资料全部销毁干净,从而进一步抹去建文一朝的影响。在做这些事情的同时,朱棣又对《明太祖实录》下手了。要知道,在中国古代基本上每一个王朝中一位新皇帝继位,就会组织修撰前一位皇帝的实录。《明太祖实录》于建文元年(公元1399年)开始修撰,前后历时三年,于建文三年(公元1401年)修撰完成,既然是建文帝修的,那么实录自然是要维护建文帝一系的。而这一段时间正好也是“靖难之役”进行得如火如荼的时候,所以其中的内容可想而知,里面直接说朱棣一伙是逆党。这种说辞朱棣绝对是难以接受的,于是在建文四年(公元1402年)十月,此时距离朱棣即位过去还不到四个月,朱棣迫不及待下令重修《明太祖实录》。
此次重新修撰仅用时八个月,在永乐元年(公元1403年)六月便修撰完成。但在这么短的时间内修撰完成,内容可想而知,史称这个版本的实录是急于求成,所以质量堪忧。不过朱棣当时急于证明自己的合法地位对此也没有表示不满,反而对这个版本的实录大加称赞。然而过了八年之后,朱棣发现了这个版本的问题,并且很有可能这个版本没有充分证明其继位的合法性。因为朱棣在下令第三次修撰《明太祖实录》时,曾公开指责第二个版本的监修官李景隆等人“心术不正”。第三次修撰耗时将近七年,从永乐九年(公元1411年)开始到永乐十六年(公元1418年)结束,正所谓“慢工出细活”,因此朱棣对于此次修撰完成的《明太祖实录》十分满意,史称“披阅良久,嘉奖再四”,并称这个版本的实录很符合朱棣的心意。