对于那些在建文朝遭受贬斥的官员，特别是因为建文帝削藩而受到牵连的大臣们，朱棣都一律恢复他们的职务。除此之外，朱棣还下令把建文一朝的文书档案资料全部销毁干净，从而进一步抹去建文一朝的影响。在做这些事情的同时，朱棣又对《明太祖实录》下手了。要知道，在中国古代基本上每一个王朝中一位新皇帝继位，就会组织修撰前一位皇帝的实录。《明太祖实录》于建文元年（公元1399年）开始修撰，前后历时三年，于建文三年（公元1401年）修撰完成，既然是建文帝修的，那么实录自然是要维护建文帝一系的。而这一段时间正好也是“靖难之役”进行得如火如荼的时候，所以其中的内容可想而知，里面直接说朱棣一伙是逆党。这种说辞朱棣绝对是难以接受的，于是在建文四年（公元1402年）十月，此时距离朱棣即位过去还不到四个月，朱棣迫不及待下令重修《明太祖实录》。
此次重新修撰仅用时八个月，在永乐元年（公元1403年）六月便修撰完成。但在这么短的时间内修撰完成，内容可想而知，史称这个版本的实录是急于求成，所以质量堪忧。不过朱棣当时急于证明自己的合法地位对此也没有表示不满，反而对这个版本的实录大加称赞。然而过了八年之后，朱棣发现了这个版本的问题，并且很有可能这个版本没有充分证明其继位的合法性。因为朱棣在下令第三次修撰《明太祖实录》时，曾公开指责第二个版本的监修官李景隆等人“心术不正”。第三次修撰耗时将近七年，从永乐九年（公元1411年）开始到永乐十六年（公元1418年）结束，正所谓“慢工出细活”，因此朱棣对于此次修撰完成的《明太祖实录》十分满意，史称“披阅良久，嘉奖再四”，并称这个版本的实录很符合朱棣的心意。